郑芝龙接受招抚，明朝内陆政治军事力量被迫与民间海商海盗势力结合，而中国海商们则第一次摆脱大陆朝廷的追剿，完成集团化集权化过程，以一个具有政治组织军事武装的重商主义力量，重出外洋挑战西方的势力。
1633年的料罗湾海战具有划时代的意义，郑芝龙在郑和船队退出南中国海200年后，重建了中国的海上霸权，并成为东方海洋世界的唯一强权，海氛平靖，商舶出入都悬挂着郑氏的令旗，荷兰人也开始向他纳税。
海外华商及移民第一次得到民族政治军事实体的支持，可以与西方人在东南亚海上展开对等的竞争。
但好景不长，不多久改朝换代，大明王朝轰然倒地。1646年，一度扛起反清复明大旗的郑芝龙最终降清，只有其子郑成功以水军之利占据泉州的金门厦门两个海岛苦守抗清。

围海迁界

自1647年1月在小金门起兵抗清后，郑成功转战浙闽粤等东南沿海，在北伐南京失败后，郑军元气大伤且面临军粮不足的问题；为了解决大军的后勤给养问题，郑成功决定收复由荷兰殖民者侵占的台湾岛，以台湾为基地开拓生存空间。
为切断郑军与内地的联系和物资供应，早至1654年，清廷便厉行 海禁迁界 令，俗称“辛丑播迁”，早在1647年，广东已先行海禁。郑军清廷争夺沿海地区，使海禁实际上无法全面执行，直到南京之役郑军败走，1660年才进行正式的迁界，勒令闽浙粤等沿海居民分别内迁30里到50里，尽烧沿海民居、船只片板不得下海，村社田宅被毁无数，沿界筑墙戍卒，百姓颠沛流离。禁海使桅杆林立的港湾空空荡荡，迁界使千里海岸无复人烟。
1661年，郑成功驱逐荷兰殖民者，收复台湾后鼓励军民垦荒，大力招徕失地贫困的闽粤沿海百姓移民垦殖台湾。在中国近千年的东南海外移民历史上，拓殖台湾是唯一一次在政治组织、军事武装实体支持下的民间海外扩张活动，其直接成果是，台湾与东南亚其他华人移民区不同，它彻底并入华夏文明的政治文化体系内，后来成为中国领有主权的地区。
台湾成为郑氏海上中国参与东南亚海上竞逐的基地，但他们将重新面对双重压力：大陆的征讨与西方的扩张。 郑成功的设想是以台湾为基地，以领海统治领土，建立一个覆盖整个东南亚各华人移民区的中华海上王国。收复台湾只是第一步，下一个征讨目标是西班牙的殖民地菲律宾，可惜英年早逝。其子郑经利用清廷三藩之乱空隙出兵福建，占领厦门又再次失去，这次西征使郑氏海上势力受损巨大，以后只能求自保。
1683年，清康熙帝在前郑成功部将后投清的施琅再三请求下，乘台湾郑成功之子郑经病卒、郑经其子郑克爽年幼初立和台湾本土出现内讧之际，成功收复台湾，帮满清政府解决了一个心头大患。清廷并不想要台湾这块地方。康熙说：“台湾仅弹丸之地，得之无所加，不得无所损。” 清廷对台湾弃留犹豫不决，施琅上书力争，最后从守土的角度说服康熙皇帝设一府三县：’台湾是大陆江浙闽粤四省门户，“弃之必酿成大祸，留之诚永固边圉。”